生物工程学院前身为轻工业工程系，1998年3月更名，成立生物与环境工程学院，2015年9月，撤销生物与环境工程学院，成立生物工程学院。

※ 1981年，筹建轻工业工程系，微生物化学工程专业开始招生（期间历经发酵工程、生物化工等名称更迭，现为生物工程专业）；

※ 1987年，食品科学与工程本科专业开始招生；

※ 1988年，塑料工程专科专业从机械系调整入轻工系；

※ 1998年，生物与环境工程学院成立。环境工程专业从化工学院转入，高分子材料与工程专业转入化工学院。生物化工获批硕士学位授予权；

※ 2000年，发酵工程获批硕士学位授予权；

※ 2001年，生物技术本科专业开始招生，环境工程获批硕士学位授予权；

※ 2002年，生物化工学科入选浙江省重点学科；

※ 2003年，生物化工获批博士学位授予权，创办环境科学本科专业，微生物学、环境科学、食品科学获批硕士学位授予权，生物工程、环境工程获批工程硕士学位授予权；

※ 2004年，生物化工、环境科学与工程学科入选首批浙江省“重中之重”学科；

※ 2005年，环境科学与工程获批一级学科硕士学位授予权，生物化学与分子生物学获批硕士学位授予权；

※ 2008年，食品工程获批工程硕士学位授予权；

※ 2010年，食品加工与安全获批农业推广硕士学位授予权；

※ 2010年，创办食品质量与安全本科专业；

※ 2011年，食品科学学科入选浙江省重点学科，生物化工学科、环境科学与工程学科获批浙江省重中之重学科滚动建设；环境科学与工程获批一级学科博士学位授予权，轻工技术与工程、食品科学与工程获批一级学科硕士学位授予权；

※ 2012年，环境科学与工程一级学科博士后科研流动站获批；

※ 2013年，食品科学与工程和食品质量与安全专业划归海洋学院，学院作为学校主要参与单位牵头组建长三角绿色协同中心，成为首批入选国家“2011计划”的14个协同创新中心之一；

※ 2015年，撤销生物与环境工程学院，成立生物工程学院。生物工程学科入选浙江省首批一流学科（A类）建设计划；

※ 2016年，生物工程经动态调整获批一级学科硕士学位授予权；生物工程学科入选浙江省“重点高校建设计划”第一批重点建设学科；

※ 2017年，生物工程学科入选浙江工业大学 “一流高峰学科”第一层次建设学科；

※ 2017年，生物工程专业通过中国工程教育专业认证协会组织的工程教育认证，有效期6年；

※ 2019年，手性生物制造国家地方联合工程研究中心获批建设，生物与医药获批工程硕士学位授予权；

※ 2020年，生物工程专业入选国家级一流本科专业建设点、生物技术专业入选省级一流本科专业建设点；

※ 2021年，生物技术专业入选国家级一流本科专业建设点；生物工程学科入选浙江工业大学 “一流学科攀登工程”第一层次建设学科；