浙江工业大学生物工程学科是全国最早设立的生物工程学科之一。在沈寅初院士、郑裕国院士引领下，经过近半个世纪的办学积淀，已成为我国生物工程，尤其是工业生物技术领域具有重要影响、特色鲜明的人才培养和科技创新高地。学科先后入选浙江省重中之重学科、浙江省“一流学科建设计划”（A类）和“十四五”省优势特色学科。学科拥有一支较高学术水平的师资队伍，其中中国工程院院士2人、省部级及以上人才26人，具有高级专业技术职务的教师60人，具有博士学位和海外留学、工作经历的专任教师分别达到90%和50%以上，聘用海外知名高校的客座教授20余人。学科所在生物工程学院拥有首批全国高校黄大年式教师团队、全国教育系统先进集体、全国党建工作标杆院系。
学科始终以服务国家和区域重大需求为己任，不断推进人才培养模式改革，持续迭代学科方向、日益彰显产学研特色，在生物制造领域国内外学术、技术和产业界享有较高声誉。在合成生物工程、酶（蛋白质）工程、医药生物工程和环境生物工程等领域形成了特色和优势。近年来承担国家重点研发计划“合成生物学”、“绿色生物制造”重点专项项目、国家自然科学基金项目、浙江省重大科技专项等省部级以上项目200余项、同时也承担了企业委托与合作开发的重大产业化项目，建成工业化生产装置和生产线40余条，获国家科技进步一等奖1项、国家科学技术二等奖3项、浙江省重大科技贡献奖和何梁何利基金科技进步奖各1 项、省部级科学技术一等奖12项、中国专利优秀奖3项等。
学科建有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、可再生资源利用与加工国家级实验教学示范中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室、中国石油和化工行业药用化学品生物催化重点实验室、浙江省手性生物制造工程实验室、生物基础浙江省实验教学示范中心、浙江省现代生物产业学院等一批国家级、省部级教学与科研平台。研究生就业、升学率连续多年保持在98%以上，为我国特别是长三角区域生物产业高速发展输送了大批人才。
生物化工学科是浙江省首批重中之重学科，1998年获工学硕士授予权，2003年获工学博士授予权。2011年以生物工程学科滚动进入浙江省重中之重学科建设。2015年入选学校“浙江省重点高校建设计划”首批8个重点建设一级学科并被遴选为浙江省“一流学科”(A类)进行建设。学科建有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室等近10个国家和省部级科研平台。拥有一支有较高学术水平的学科队伍，其中中国工程院院士2人，具有高级专业技术职务的教师59人，省部级以上人才26人。
近年来，学科承担了国家重点研发计划项目、国家973 计划项目、国家863计划项目、国家自然科学基金、国家新药创制重大专项、浙江省重大科技专项及重大科技开发校企合作项目等重大课题，获得国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、浙江省科学技术一等奖、教育部科技进步一等奖、中国石油和化学工业联合会技术发明一等奖、中国专利优秀奖等多项奖励，在生物化工相关领域知名期刊发表学术论文300多篇。
本学位点由生物工程学院牵头，依托生物工程、药学和食品科学与工程3个学科建设，拥有一支教学优秀、科研能力强、具有丰富工程实践经验的导师队伍，其中中国工程院院士2人，国家及省部级以上人才30余人次；90%以上的教师主持了国家级或省部级重大、重点工程类科研项目，并有85%以上的教师拥有主持行业产业课题研究、项目研发的经历。学位点导师荣获全国优秀教师、全国优秀科技工作者、全国师德标兵等国家级荣誉 50 余人次。
本学位点在生物技术与工程、制药工程、发酵工程、食品工程等领域形成了较为稳定的研究方向。近年来，学位点承担国家级及省部级科研课题400余项，其中承担国家重点研发计划项目9项、课题6项；承担企业委托工程类开发项目400余项，其中合同金额千万元以上企业委托项目20余项。新建和改造工业化生产装置40余套，获国家科技进步一等奖1项、国家科学技术二等奖3项、浙江省重大科技贡献奖和何梁何利基金科技进步奖各1项、省部级科学技术一等奖15项、中国专利优秀奖4项等。
学位点聚焦全球生物与医药领域重大科技问题，推进学科交叉融合，开展核心关键技术研究和重点产品开发，依托国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心等高能级科研平台，与全国 200余家生物与医药企业建立了稳定的产学研合作关系，与国家化学原料药基地（台州）、杭州医药港等共建了多个地方研究院，推动了系列重大技术成果的落地。近二十年来为我国生物与医药行业输送优秀工程技术和工程管理人才2000余名， 浙江省内规上医药企业高管中校友占比达三分之二，为浙江省生物医药行业排名全国前五奠定基础。
微生物学学位点依托生物工程学院生物工程一级学科。该学科入选浙江省“一流学科（A类）”建设计划和浙江省“重点高校建设计划”第一批重点建设学科，建有国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物技术制药分中心等一批国家、省部级教学与科研平台。学位点以《微生物学》国家精品课程教学团队和浙江省首批重点创新团队——农业“生物三药”产业创新团队为核心，组建了一支结构合理、专业素质强的师资队伍。现有硕士生导师7人，均具有博士学位。近年来，承担了多项国家自然科学基金和浙江省重大科技专项重点项目等重大课题项目，在Appl Environ Microbiol、Antimicrob Agents Chemother、Front Microbiol等国内外权威期刊发表学术论文100余篇，其中SCI收录的论文50余篇。
微生物学硕士点从1993年开始与本校相近专业联合招生，2003年批准为硕士学位授权点，2004年开始独立招生，已培养硕士毕业生150 余人，其中有省级优秀毕业生、全国“挑战杯”二等奖获得者等。
生物化学与分子生物学是现代生物学研究的一个重要内容，是生物技术专业和生物工程专业的重要基础。本学位点于2005年获得硕士学位授予权，现依托于浙江省生物工程“一流学科（A类）”。目前学位点导师队伍梯队结构合理，力量较强，共有专职导师10余人，均具有博士学位，其中教授4人，副教授8人，具有美国和日本知名大学留学工作经历者8人。近年来承担国家重点研发计划课题、973课题、国家自然科学基金等国家级项目20余项；承担省科技厅、省自然科学重点、省杰青、省基金、日本和新加坡知名企业国际合作等科研项目40余项。学位点在Biotechnol Bioeng, Appl Microbiol Biotechnol, Bioresource technol, J Hazard Mater, Toxicol Sci, Chemosphere, Chronobiol Int等国际期刊发表SCI论文100余篇，申请和授权国家发明专利20余项。毕业生主要流向中科院或国内外名校继续深造，或在高校和生物医药等相关企业从事研发、管理等工作。
