报告时间：2023年3月24日14:00
报告地点：莫干山校区生工楼C201报告厅
报告题目：算法驱动的高通量生物系统优化
报告人：晁然 LifeFoundry与杭州衍进科技的联合创始人、CEO
摘要：
合成生物学利用工程学的研究范式，通过对生物系统的模块化、标准化拆解与重构，从而解析并利用生物系统。这种方法论的革新将同时提高基础科研与产业应用领域的迭代速度，在基因组功能研究、人类健康、生物化工、农业、环保等众多领域带来深远影响。随着高通量合成生物学的方法与自动化平台的发展，计算机算法可以开始逐步驱动对基因组重编程的过程，从而实现生物系统在不同层级的抽象与封装。报告主要介绍团队研发伊利诺伊大学iBioFAB与LifeFoundry公司D.A.R.W.In.自动化生物铸造平台的过程，以及利用高通量设计-制造-测试-学习流程完成对生物系统优化的工作。
个人简介：
晁然，LifeFoundry与杭州衍进科技的联合创始人与CEO。2006年开始在浙江大学竺可桢学院学习，2年后又转学到加拿大英属哥伦比亚大学化工与生物工程专业。之后晁然进入伊利诺伊大学香槟校区化工与分子生物工程专业攻读博士学位，从事生物燃料与高通量合成生物学工具开发等研究。博士期间，他负责开发了全球首套全自动高自由度生物铸造厂系统的样机，iBioFAB (Illinois BioFoundry for Advanced Biomanufacturing)。该系统可以自主完成大多数细胞及分子生物学操作。利用该系统以及为之开发的分子及细胞操作方法，晁然与团队完成了一系列的概念验证性科研项目，相关工作发表在Nature Communications、Metabolic Engineering、ACS Synthetic Biology等行业期刊上，已累计被引用1000余次。
2017年，晁然与合伙人共同创立了LifeFoundry公司，致力于通过合成生物学、机器人技术及机器学习算法成倍加速生物技术产业的研发进程。公司自主开发了第二代生物合成系统，D.A.R.W.In. TM (Directed Autonomous BioResearch Workspace Infrastructure)， 可以实现代谢途径构建以及优化、基因组大规模扰动、高通量基因编辑、工业菌种筛选等研发流程。在此基础上，结合机器学习算法，可以实现生物系统设计-制造-测试-学习的闭环迭代，从而完成更加复杂的研发任务。公司已与多家企业客户展开合作，利用D.A.R.W.In.平台帮助客户研发用于生产高附加值化合物的微生物合成工艺，应用在食品、日化、饲料、医药等市场。